Вай, мамочки.
Товарищ Анно, наплевав на принципы социопсихологии, взял и объединил душу и личность, но разделил разум. Вот и получилось у него, что болванки-псевдопилоты Рей обладают ее разумом, но не личностью, как и электронный мозг доктора Акаги, и вместе с тем памятью - одной из состовляющих личности, но саму душу (в интерпретации кокоро - сердце) они потеряли. Точнее, даже не имели. Вот и наша Рей - она просто Рей, имеющая личность Рей и отсюда надо копать истоки ее души. Будь то Лилит (найдете цитату в сериале, где говорится, что в теле Рей душа Лилит? Или что тело Рей создано из ДНК Юй?), ее сила лишь в кокоро - сиянии души и силе поля абсолютного страха, как и его антипритации. Но личность Лилит была мертва, и Рей/Лилит - это Рей/Лилит, та же самая Рей, ощутившая в себе силу проматери, а вместе с ними и знания. Технически - личность изменилась, но Анно класть хотел на формальности и оставил Рей с душой в себе, как она Рей и осталась.
И да, Адам тут не при чем. Рей возненавдила Гендо еще до Комплементации, тогда, когда увидела Каору и открыла удивительную истину - они одинаковы, оба ангела ("технически"), оба особенные, вот и ломка личности. И свою силу она использовала в Догме, подавив АТF Каору, и очки Гендо сломала в непрощении, все это было до процесса К.