1) Насчет АТ - оно больше предназначено для защиты от АТ ангелов - в месте их стыка (интерференции, кажется, Норт лучше знает) и образуется стена октагонов. Но в некоторых моментах АТ можно использовать и как оружие (как это сделала Аска в ЕоЕ). Но все же АТ как барьер защищает именно от физического воздействия, а не окружающей среды. Иначе придется допустить, что Евы вообще не соприкасаются с воздухом и водой (как в 9 эпизоде) и их полностью обволакивает барьер. Если бы это было так, Еву-02 не пришлось бы заковывать в защиту, когда та спускалась в магму. Отсюда делаем вывод, что АТ как защита от внешнего воздействия в принципе возможно, но требует четкой и высокой синхронизации. Так же барьер может быть установлен по воле пилота. Учитывая все вышесказанное, а так же то, что Аска держала свю Еву в туннеле не в самом удобно положении, можно сделать вывод, что ей просто не хватило концентрации держать Еву и ставить АТ одновременно.
Объяснение попроще - Ева-02 просто своим АТ сняла АТ ангела, оно нейтрализовало друг друга, и у них обоих пропала внешняя защита. Вот почему Синдзи так легко прошил ангела из оружия.
2) Кислота очевидно расплавила броню и попала на кожу Евы, а та способна к нейросенсорике - что чувствует Ева, то чувствует и пилот (хоть и фантомно). Плюс еще волшебные свойства брони восстанавливаться вместе с плотью Евы намекают на то, что броня эта не простой полимер/металл.