"Существует много Икари Синдзи. Икари Синдзи внутри Мисато, ..."
Значит и в Сине есть все, кого он знает.
Верно, так и есть. Это они в его сознании. А может, это мама являлась в образах тех, кто ему дорог?
P.S. Почему EoE кажется вам таким непонятным? Все там вполне логично, хотя далеко не для всех. Но если вам понравилось - значит в основном вы все поняли.
Но учтите - Анно специально наворотил столько противоречий. Раз приведя все мыслимые и немыслимые гипотезы, можно прекращать спорить. Ибо безсмысленно...
Но мне этим EVA, EoE и нравятся.