Попробую ответить, как я это понял. Если что не так, меня поправят.
1. Вроде как мне объясняли, что душа человека неполноценна, имеет изъян, пустоту если хотите. Поэтому когда душа Евы и человека соединяются, дополняя друг-друга, то и образуется АТ-поле, та самая "священная область души". Вроде так.
А вообще пилоты нужны, чтобы Евами управлять. Ведь псевдопилот далеко не сразу был разработан.
2. Ну да, растили сразу всех.
3. Зачем клонировать Сина? Насколько я понял, Рей клонировали на случай ее гибели, так как она носитель души Лилит и представляла важность. Почему выбрали в псевдпилоты Рей и Каору надо спросить у Гендо и СЕЕЛЕ. Возможно, из-за их способностей к синхре, возможно - потому что их удобно использовать для экспериментов.