Ну, смеется - это слишком. Говорит с улыбкой. А что же здесь такого необычного? Гендо был единственным человеком, который (имхо) изображал симпатию к Рей. Плюс она видимо считала себя обязанной ему за то, что жива. короче, чувствовала благодарность и привязанность. Это еще не значит, то он прямо окружал ее заботой и лаской.
Кстати, потом, когда она начала потихоньку разбираться в себе и других, она никогда больше так не улыбалась, говоря с Гендо...