Вариант насчет "решила сохранить на память окурки" кажется каким-то безумным. с пепельницей, которую никто не выбрасывает - тоже.
Сложно сказать, насколько часто курит Мисато, но врятли она настолько заядлая курильщица, чтобы дымить при каждом удобном случае. Да и врятли Миса станет красить губы в фиолетовый цвет, на фоне её волос пожалуй, будет смотреться достаточно безвкусно.
Вариант с походом к Гендо мне кажется наиболее правдивым.