А вот смотрите. Когда Рей соединила все сознания в себе, то она скорей всего узнала, что она клон Юй. И поэтому она появилась перед Евой, как бы сравнивая себя с ней. Первый раз она появилась по зову какой-то части Юй в себе(инстинкт матери). А во второй раз появилась, для того, чтобы сравнить уже чисто свои ощущения(чувства), с прошлым разом.