1. Цель Seele - завершить проект комплементации человека. Цель Икари Гендо - стать богом и воссоздать мир по собственному желанию, если говорить утрированно, то единственная цель Гендо это воскрешение Юи. Впрочем Рей обломала и Seele и Гендо.
2. Действительно интересный вопрос.
3. Для третьего удара нужны Евы(или Ева?) и Лилит. Пилоты - необязательны, вполне хватит и имитаций.
4. Существует предположение, что свои тела восстановили лишь те, кто этого хотел.
5. Нам кажется, что нереал - порвать кабель именно взрывной волной. Кроме того всё зависит от типа и угла повреждения.
6. К Синдзи летит оригинальное копье. А Еву-02 уничтожили репликантами копья Лонгиния. По одному репликанту на каждую серийную Еву.
Правительство - марионетка в руках Seele, и приказ исходил от них, а не от правительства. Nerv тоже был бы марионтекой, будь командующим не Гендо, а кто либо другой.
Жестокость вполне объяснима. Отсутствие информации, либо дезинформация. Вспомни отношение Тодзи к Синдзи в начале и сравни с тем, что было потом.