Имхо, для правильной транслитерации нужно отталкиваться от звуков того языка, к которому транслитеруемое слово относится. Насколько нам известно, в японском нет ни звука, ни буквы "ш". Отсюда следует, что все-таки Синдзи(джи), а не Шиндзи(джи). =) Хотя с другой стороны Шин звучит лучше чем Син........