обрезать mkv ты можешь гораздо быстрее и проще в VirtualDub, если он не съест матрёшку пропусткай через ависинт (DSS2("путь")), а вообще зависит от формата видео - если скажем divx то даб его отрежет без рекомпрессии, если x264 то придётся юзать mkvmerge, так или иначе отрезатся будет по кейфреймам, т.е. точно подогнать сабы ты не сможешь, а если не по кейфреймам - придётся перекодировать, это долго, нудно и ухудшает качество.
посему юзай редактор сабов с поддержкой шифтинга (например, ayanami), достаточно вычислить сдвиг для одной серии и сдвинуть сабы во всех остальных - это куда быстрее чем возится с видео.
и вообще, при чём здесь амв