Так-то да, Синдзи сам убежал от своего отца. Это упоминается в смоделированном диалоге с Рей на 10:02, 20-го эпизода (Синдзи: "Он бросил меня из-за тебя", Рей: "Ты сам убежал"). Возвращаясь к этой теме чуть позже, к 10:51 того же эпизода, Синдзи прямо открытым текстом говорит, что убежал от отца с матерью по собственной воле (фрагменты из эксперимента Юи, всплывшие у него в голове перед этим, дают знать, что побег произошёл после этого случая).