Без понятия. Это уже чистая фантастика, к науке это не имеет отношения.
Короткий ответ: как ты хочешь.
Длинный ответ: одна из особенностей Евангелиона заключается в очень большой двусмысленности представленной информации с одной стороны, и с другой в очень вольном использовании научной терминологии. Рей считается клоном Юи, но в тоже время гибридом с Ангелом, что автоматически означает, что она не может быть клоном чисто технически. Она была бы обычным человеком, если бы она была реальным клоном.
На ее бесплодие так же напрямую нигде не указано. Менструация может начаться после 14 лет и это в пределах нормы. Кроме того, даже если она бесплодна, в сериале нет объяснения, почему это так.
Я бы сказал, что каждый волен интерпретировать это по своему и это фича сериала, а не баг. То есть то, что в игре Рей смогла родить ребенка, не противоречит сериалу и соответствует одной из интерпретаций. Но, в тоже время, это нельзя использовать как аргумент, который устанавливает, что Рей не бесплодна.
Вообще говоря, учитывая уровень развития био-технологий в сериале, возможно, что весь этот вопрос глубоко вторичен. Если они способны создавать гигантских биоротобов и гибриды людей с инопланетными видами жизни, то для них не должно представлять особой сложности лечение бесплодия тем или иным образом.