на любое произведение есть сроки авторского права, и как очевидно, девятая симфония уже сотню лет как является свободно распространяемым (более того, является общечеловеческим культурным достоянием, свободно распространяемым с указанием авторства - Creative Commons License).
однако трудность не в симфонии, а в исполнителе, как и для любого музыкального произведения. труд музыкантов должен быть оплачен, если они не соизволят обратного, и для использования музыки в произведении всегда подписывается соглашение (в каждом свое отдельное) как правило с выплатой лицензионных отчислений. другое дело что для аниме-студии ее цена грошевая, музыкантам все равно что играть - симфонию бетховена или мелодию штатного автора, а финальный зритель вряд ли на слух отличит музыку лондонского симфонического оркестра от звучания студии звукозаписи Starchild Records (где и писалась музыка евангелиона).