Доверять в чем? Сценаристы не удосужились даже внятно объяснить чего добивался Каору. "То, что Ева изменила, только Ева может исправить." может означать, например, удаление L-барьера, на который Синдзи абсолютно начихать. А в качестве платы Ева может поубивать всех, кого не поубивали при исполнении предыдущего желания. Вместо того чтобы преследовать какие-то свои цели, Синдзи занимается хрен пойми чем. Просто потому что иначе сюжет в нужную сторону развиваться не будет. Авторский произвол и есть.
Он мог попытаться остановиться до вскрытия ядра и сказать "добивайте N2-бомбами". Главная проблема Синдзи в том, что он вообще не рассматривает происходящее с позиции "так ведь поступил бы иначе, все бы погибли". Его позиция "какие миллиарды погибших? Я Аянами спасал, отцепитесь". Но вот если бы там планировался "суровый урок", он подавался бы иначе. Например:
Сакура: А Тодзи больше нет. Нам даже нечего было положить в гроб. Родителей наших больше нет. Тетки из Осаки нет... (Отворачивается и смахивает слезы)
Синдзи: Но я же...
Сакура: Да, да, знаю что ты скажешь. Но теперь они мертвы и никак их не вернешь. Я просто хотела чтобы ты хотя бы возложил цветы на могилу.