1) Попытки впихнуть повторные встречи Синдзи и Каору, означают как минимум введение в сеттинг реинкарнации. Перезапуск мира означает новый поворот колеса сансары. Итого, Гендо моментально реинкарнировал, испортив весь драматизм момента. Альтернативное объяснение - сценарист - идиёт и просто не продумал этот момент.
2) Очеловечить кого-то там равно промыть ему мозги. Очень сомнительное с этической точки зрения предложение.
3) Можно, все можно. Если уж у них там в перезапущенном мире "без Ев", откуда-то вылезают искусственные девочки, созданные в рамках проекта Ева. Причем, очень странно вылезают - был целый полк Асок, а на станции почему-то только одна рыжая сидит. Остальные то куда делись, если погибли они в рамках все того же проекта Ева, который в данной реальности не случился?
4) Рей и Каору и раньше могли контактировать без риска для здоровья. Они же еще в сериале пересекались (24 серия, диалог про "ты такая же, как и я").
5) Про АТ-поле! Про АТ-поле вокруг беспилотников спросите! Этож свет души, а души у беспилотников, очевидно, нет, за отсутствием какого либо намека на пилота. И про отсутствующее АТ-поле вокруг Евы-13. Ладно бы его вокруг Евы-02 не было, Аска все же рыжая, а у рыжих, как известно, души нет. Но Синдзи то вроде бы брюнет.
6) Никаких мотивов у Фуюцуки. Не прописали их.