Это называется реткон. То, что сценарий переделывали никто особо не скрывает, да и это можно увидеть просто сравнив Тройку с тизером к Тройке (ни одного общего кадра). В Тройке и Четверке, очевидно, не было ни Мисато оравшей "иди до конца!", ни Каору тормознувшего Удар в зародыше. И уж тем более, там не было никаких "двух этапов Третьего Удара". Иначе Мисато пытаясь оправдать Синдзи в Четверке, непременно упомянула бы что катастрофа то произошла на "втором этапе", когда Синдзи уже давно был космической консервой.
С этими сценарными кульбитами все просто - Тройка основывается не на Двойке, а на мысли что нельзя устраивать конец света, крича на всю округу что делаешь это только ради бабы. Соответственно, сценарий просто отсекает оправдания для поступка Синдзи.
Ну кричал и кричал, вон Мисато тоже кричала. Окей, вычеркиваем Мисато, она теперь осуждает.
Ну кричал и кричал, это он на нервах. Но никто же не помер! Окей, вычеркиваем Каору. Прежде чем Синдзи остановили, погибло дохрена народу.
Ну кричал и кричал. Главное же что товарища спас! А то, что народ помер, так может на тот момент это было уже неизбежно? Или не видно было из кабины что снаружи происходит. И вообще, да похрен на этих нонеймов, гибель одного человека - трагедия, а миллионов - статистика. Окей, спасение тоже вычеркиваем, баба застряла где-то.
Чой-то много вычеркнули, но да ладно, у нас еще один фильм впереди, придумаем чего ни будь.
Во втором фильме Рей превращается в гигантского красного человечка. В третьем фильме появляется красный ангел с лицом Рей. Совпадение? Не думаю. Больше похоже на завязку для вотэтоповорота, который потерялся в очередном переписывании сценария.