Возможно его там не было. Просто они привыкли что в квартире Мисато живет пингвин. И когда воображение С. и А. создало квартиру, точно также был воображен пингвин как ее обязательный атрибут. Да и для большинства зрителей квартира Мисато и живущий там пингвин неразрывны.
Странно, но по-моему как раз то, что мы видим всю комнату может наоборот доказывать, что это их воображение. Неохватываемые из зрением части, их воображение просто домыслило. Antimat, допустим, сидя перед монитором ты не видишь самого компьютера(кейса), но ты же сомневаешься что он там есть? А потом, например, во сне, если ты окажешься вновь на этом же месте и решишь проверить, есть ли на самом деле комп под столом, ты же его увидишь?