Да - это не причина для смерти Бога, но причина что бы в нем умер Человек.
Смотрим, что в этом фанфике происходит с детьми:
1. Они получают нечеловеческие способности.
2. Они теряют человеческий облик (Аска отращивает тентакли, Рей глаза на руках, ну а крылатыми становятся все пятеро), ПОКА они предпочитают находится в человеческом облике, но это пока...
3. И самое главное - они принимая мысли поглощенных Ангелов, принимают также их образ мышления.
Собственно остается вопрос - почему они все еще Люди, с нечеловеческими способностями, с нечеловеческой психикой, но Люди? Далее мое ИМХО (точнее попытка угадать мысли авторов), которое мы сможем проверить только после выхода окончания ДДБ - Дети остаются Людьми, пока любят и любимы. Поэтому Синдзи с Аской как и Тодзи с Хикари останутся Людьми, что бы с ними внешне не происходило. А Рей. Если не умрет в финале, то превратится во что-то невообразимое и неописуемое (как все Лавкравтовские боги и все Ангелы это фанфика)...