Думаю, что его убил кто-то из анонимных сотрудников Seele ли NERV.
Так так Кадзи убила девушка, значит, возможных убийц несколько:
Рицко-не думаю, что Гендо стал бы посылать учёного на устранение Кадзи.
Как говорили ранее, на это и другие люди есть.
А личных причин на убийство Кадзи у неё нет.
Майя-во-первых, её не стали бы посылать по той же причине, что и Рицко.
А во-вторых, она в принципе не может никого убить, не говоря уж о знакомом человеке.
Аска-вы помните, в каком состоянии была Аска на момент ЕоЕ?
Мисато-насколько я помню, она не могла в тот момент получить доступа к оружию, ибо сидела в камере.
А после выхода ей сообщают, что проблема решена. зачем это сообщать убийце? Нелогично.
Так что остаются только анонимы)