Читай внимательнее мангу. Там Ева-01 на начало сюжета была вполне боеспособна и не было ни слова о том, что шанс её запуска 0.000000001%, как это было в сериале.
К тому же, как в сериале, так и в манге ранения Аянами и так было ясно объяснены тем, что меньше, чем за пару недель до нападения Сахиила была неудачная реактивация Евы-00.
Ну и да, Аюпа верно сказал, первый том манги вышел за год до выхода сериала, поэтому там всё именно так, как и задумывал Садамото, а не какие-то попытки что-то там объяснить.