С научной точки зрения душа существует (в мире Евангелиона) и этим вполне научным понятием успешно оперируют.
Вот поэтому LCL и не такая простая как кажется. Тот красный океан, по изначальной задумке, должен был стать единым сверхсуществом с единой же душой, собранной из всех душ всех людей. Но что-то пошло не так, Синдзи не понравилась перспектива потери личности, и он разрешил душам не сливаться, дав им выбор, остаться частью К. или снова стать людьми.