Не уверен, но возможно тов. @6ymu, хотел шуткануть, и вопрос вполне подходящий для ева-топа, чтобы не устраивать флуд в NGE-разделе.
Ну что ж, попробуем поразмыслить. Если это дело у них произойдёт вне Евы, то вряд ли что-то значительно изменится. Разве что эмоциональное состояние пилотов может измениться в ту или иную сторону, а именно оно и имеет влияние на синхронизацию. Показатели Синдзи, скорее всего, улучшатся, а вот с Аской могут какое-то время быть проблемы, я считаю.
Но совсем другой вопрос, если они решатся проделать это друг с другом прямо в Еве. Результаты могут быть совершенно не предсказуемы, учитывая эмоциональные и гормональные всплески, проходящие при этом процессе. А поскольку психическое и физиологическое состояние пилота сильно влияет и на саму Еву, произойти может что угодно, от полного отключения и вплоть до берсерка.