Все гражданское население из Токио давно разъехалось после взрыва 00. Так что спецназ из них не убил никого. Персонал НЕРВА не был истреблен полностью, т.к не успели. НЯдерный прорыв скорлупки геофронта мало что сделал, т.к. прорывать то уже нечего было (в смысле города уже не было, ему ущерб не наносился)
В самом взрыве 00 мало кто пострадал, т.к. все были в убежищах, которые расположены внутри Геофронта и за пределами города. Людские потери невелики, хотя от города ничего не осталось. Но город все таки не 89 км в диаметре.
А целая полностью оборудованная автономная штаб-квартира, да еще и настоящим Евангелионом - подороже города стоить будут. ИМХО. Да и неизвестно, было ли все это пространство вокруг штаб-квартиры пустынным или нет. Вокруг Токио-3 тоже мал что находилось.