Для себя я давно сделал такое мнение: Ева управляется тем пилотом, который в данный момент держит рычаги. Т.е. если рычаги отпустить, то Ева перестает двигаться.
Это необходимо, чтобы Ева могла полностью замирать, оставаясь активированной. Двинув рычаг, пилот выводит еву из обездвиженности, как бы "заводит" ее, и снова подчиняет себе(аналогия с ключом зажигания). Такое состояние обездвиженности очень часто необходимо - например когда ева активирована, но еще стоит в ангаре, или в эпизоде с Джет Элоном - когда Еву из самолета выдвинули, она на одних наплечниках держалась но при этом была полностью выпрямившаяся, а так, ИМХО, не могут даже Евангелионы.
Этим объясняется, зачем Син дергал рычаги, когда в эпизоде с Зеруилом его Ева отрубилась - он пытался ее "завести". К тому же на рычагах (даже тех, что в сериале) есть какое-никакое минимальное количество кнопочек, которые служат скорее всего для активации различного оборудования - те же ножи из наплечников - не думаю, что пилот вызывает их мысленно.
То, что управляется ева тем, кто за эти рычаги держится частично подтвердилось с эпизодом с Гагиилом - Син и Аска вместе взялись за эти рычаги, (а трансформировались они - скорее всего для удобства, чтоб можно было вдвоем держать) а до этого их держали либо Син, либо Аска. Лишь сообразив, что в поодиночке им не справиться, они решили действовать вместе.