>>Она хочет, и он вроде
Со стороны Синдзи это эдипов комплекс. Мисато всю дорогу фактически заменяла ему мать в силу своих способностей.
Со стороны Мисато это гиперкомпенсация чувства вины за то, что использует в собственной войне, в собственной мести - детей.
Однако оба умом понимают, что это неправильно, это результат их психотараканов. И, соответственно, Мисато бежит к Кадзи, а Синдзи - дрочить на Аску. Которые более-менее подходят хотя бы по возрасту.