Они и до этого были цвета морской волны. Плюс, у Синдзи не лампочки в глазах, а именно что самые обычные красные глаза. Я все же не думаю, что такое ему чисто по приколу нарисовали. Волосы у него кстати, тоже посветлели. Впрочем, вместе с одеждой.
Судя по прогнозам Гендо из первого фильма, осталась еще парочка недобитых Ангелов. То есть, бои на Зеруэле не закончатся, если конечно оставшимися Ангелами не окажутся сами пилоты. Если у Мари что-то запланировано на конец войны, палиться в бою с Зеруэлем нежелательно. Хотя, да, обстановка действительно располагает к тому что бы разыграть и те карты, что припасены на последок.
Факт того что она запустила опечатанную Еву, из которой к тому же вынули важную деталь, удивителен безотносительно к всякой мистике вроде резидентных душ. Впрочем, она и подъемник Евы как-то запустила. То есть скорее всего, просто получила контроль над техникой Нерва, позволяющий и нужные ядра в Еву поставить, и на поверхность ее вытащить.