Отвечаю на заданные вопросы.
Почему Мисато не застрелила Каджи раньше? Раньше он тихо-мирно шпионил на себя/против всех и никого не воровал. А после похищения Фуюцки он стал представлять явную активную угрозу для NERV и для Мисато, которая в этой организации работала, потому его и решили убрать.
Служба безопасности NERV подозревала, что Мисато могла быть в сговоре с Каджи и вместе с ним организовала похищение Фуюцки. Поэтому ее посадили. Когда Фуюцки вернулся и рассказал, что его похитил один Каджи, а Мисато не при чем, тогда Мисато и выпустили.
Это для фанатов Мисато представляет определенную ценность, а для Гендо она - просто еще одна пешка, которой в любой момент можно пожертвовать, как и всеми остальными, как и его собственным сыном. Еще в 9-м эпизоде Рицко и сама Мисато нам чего говорили?
Так что в случае "истерики" Мисато Гендо просто посадил бы на ее место другого офицера, а ее бы выкинул со службы/ликвидировал.
Мисато на самурая не тянет, согласен, да и в фамилии у нее только два канджи. Есть японское мировоззрение на жизнь/смерть, которое не надо, пожалуйста, путать с традициями. Есть еще законы военного времени, когда военный офицер на военной службе обязан выполнять приказы, какими бы идиотскими они ни были. В совокупности это вполне дает основание предположить, что Гендо может приказать Мисато убрать Каджи, и Мисато выполнит этот приказ.
А по поводу "если бы, да кабы" можно фантазировать бесконечно. Почему Гендо сразу не отдал приказ мочить 15-го Ангела Копьем, когда Ангел на Аску напал? А если б Аска умерла? А если б Син и Реи потом не справились бы со следующими Ангелами? Чего Гендо ждал? Он же мог потерять боевого пилота? Он что, придурок?... и далее в том же духе.
Обсуждается абсолютно и совершенно законченное аниме, согласен. Табличка была, и есть, и будет есть в сериале Neon Genesis Evangelion образца 1995-96 годов. Таблички нет, и не будет в диркатных версиях эпизода 21', которые вышли, вроде бы, в 2003. Обе эти версии 21-го эпизода абсолютно легальны, нормальны и законченны, и распространяются компанией Gainax и партнерами. А аргумент "это не доказательство" просто железный, тут я на пару с режиссером даже возразить ничего не смогу.
Откуда у Мисато второй пистолет? Откуда оружие у военного офицера в военное время? Точно так же можно спросить, откуда пистолет у Гендо или Рицко, или откуда у Мисато 3-4 машины одной марки. Купила.
И, на самом деле, зачем при освобождении Мисато отдавать ей ее табельное оружие? Обойдется, пусть "из пальца стреляет".
Вот действительно, зачем все усложнять, вводить какую-то третью сторону, которая, по словам Анно-сама - ни NERV и не SEELE? Вот же она, Мисато, прямо перед глазами, зачем еще кого-то искать, Оккам не простит, неееет...
Все доказательства, которые я привожу, взяты из сериала. А размышления и аргументы всех сторон десяток лет назад приводились на eva.onegeek.org, так что моего здесь почти ничего нет.