Ну дык то, что с Евой-00 всё худо-бедно обходилось не отменяет факта капризности 01.
То, что Синдзина синхра по ходу сериала росла не отменяет факта её падения у Аски.
А значит твоя версия о том, что синхра есть функция, зависящая от времени тренировок нежизнеспособна.
Если мы априори считаем Гендо неглупым человеком, то приходим к выводу, что если бы у него был запас пилотов - в случае увольнения Сина или первого запуска Евы-04 этот самый новый пилот должен был быть рекрутирован при любом раскладе и как можно быстрее. Отсылки на хитрозакрученные планы Икари здесь не пройдут - на кону жизнеспособность обороны города от Ангелов, без которой о любых планах можно забыть.