Нет смысла говорить о том, та или не та - третья часть обновленного сюжета. Многое зависит от того, как и что будет сделано в четврётой части. Не следует забывать, что Евангелион в своей первой половине - был более-менее стандартным и то, что в нём являлось определяющим - вовсе не относилось к завязке сюжета. Напротив, наиболее атмосферные элементы - это фактически конец сериала. Поэтому, выглядит разумным, если всё то, что является знаковым в Евангелионе - было оставлено на четвёртый фильм.
Насколько я смог понять, если бы произошёл Третий Удар, то снесло бы не только Токио-3, но и пол-планеты. Вспомните про второй или третий из оригинального сериала. Это значит, что в Токио-3 произошёл меньший по масштабам и значению феномен, который всё равно решили назвать "Третьим Ударом", потому что... Потому что всем уже наплевать на терминологию, наверное. Назвали же они себя Вилл-Е, да?
На самом деле, это тоже имеет смысл. Ангелы - нападают друг за другом. Уничтожение орбитального Ангела, который 14 лет обращался вокруг Земли в весёлой коробке напополам с Евой-01 - привело к тому, что Синдзи снова оказался на поле битвы. Ну и Ангелы вылезли из под полы, так как один из них погиб - на его место приходит ещё один. Я бы не назвал это таким уж роялем.