FreeLogic, здесь уже столько раз все это перемусоливолось и обсасовалось, что уже никто не скажет тебе точного ответа (если только сам Анно).
По аспектам есть специальная тема - !вот! - прочитай ее (всю), что-то станет понятнее... У тебя очень общие вопросы, так просто не ответишь (а если и отвечать, то это реферат листов эдак штук на 10).
Вот очень общие ответы:
Так как Гендо предал комитет СЕЕЛЕ и решил воспользоваться Лилит (белая тушка на кресте), Адамом (эмбрион в руке Гендо), душой Лилит (в Рей) и, возможно, душой Адама (есть версия, что Каору был ее вместилищем, и после его смерти душа Адама попала в тело Адама - тот самый эмбрион), так вот, Гендо решил провести свой обряд Комплементации, чтобы уподобиться Богу и обрести счастье со своей женой Юй (которая заключена в ядре Евы-01). СЕЕЛЕ об этом прознали и приняли меры - сначала попытка взлома МАГИ (мирный вариант), а когда он провалился - штурм. Им нужна была Ева-01 (которая есть клон Лилит с примесью человеческого ДНК), а Адам у них был свой - это те самые Серийные Евы (клоны настоящего Адама). По их плану Серийки могли совершить обряд инициализации и провести свой обряд комплементации, кгда души всех людей сливаются в одну. Однако у Рей были свои планы, она стремилась защитить Синдзи и ради него провела свою комплементацию (призвав Копье Лонгиния с Луны), когда Синдзи уже принимает полномочия Бога и решат всю судьбу человечества. Тот, помня, как его отвергла Аска (в процессе комплементации есть возможность проникнуть в душу других людей, Синдзи был в душах Аски и Мисато, они, кстати, тоже присутствовали в процессе К.), понимает, что никому не нужен, и в отчаянии решает стереть все человечество, но потом вдруг понимает, что окажется один, и тогда он снова хочет вернуть всех. Рей соглашается и возвращает волю людям, когда каждый может вернуть себе тело по желанию и продолжить жизнь на земле. Первыми появляются Синдзи и Аска...
Что стало Рей - точно не известно. Она уже обрела познания Лилит и стала неким симбиозом личностей Рей и Лилит. Она не умерла, как все, ее душа продолжила существование и после отката, но вот будет ли она жить в том мире, к которому вернулся Синдзи - никто не знает.
Все люди получили право вернуться.