Да вы не читаете что ли ничего?.. Причём тут зрительная память?
Пингвин показан как наблюдатель, а не как антураж - отдельно и крупным планом, видна его реакция на поведение Синдзи и Аски, т.е. он составляет собственную оценку происходящего, т.е. он обладает собственной способностью к независимому анализу. Сознание, находящееся внутри другого сознания, которое в свою очередь... - ну, вы ещё это предложите! А Гендо сам себе откусил голову - тут нет никаких противоречий, в отличие от пингвина. Можно, предположить, что пингвин комплементировался, но это же притягивание его за причинное место! Получается, что ни с того, ни с сего, режиссёр решил предоставить пингвину роль главного героя. Или просто так на шару его туда вставил. От творческого азарта. Как и комбез в капсулу.