Хоть я и смотрел Еву всего один раз, но мнение относительно персонажей и их мотиваций уже сформировал. Я не думаю, что Гендо любил Юй, но в то же время я думаю, что он думал, что любил Юй. Разница, имхо, очевидна.
Гендо использовал Юй, чтобы оправдать свои собственные действия по "угону" контроля за Ударом от Комитета, оправдать в том числе и в собственных глазах. Примитивный собственнический инстинкт и жажду власти, видимо, он принять не смог, и потому подсознательно начал придумывать себе разнообразные высшие материи и благородные устремления.