Он говорил о Еве 01, а не о Синдзи.
А активировать он ее пытался и с помощью псевдопилота, и с помощью Рей.
Вся проблема в том, что:
если бы Синдзи нужно было умереть во имя "нового" мира (ну, или не умереть а, скажем, расплавиться до LCL и переродиться) - он мог элементарно этого испугаться и не поддержать отца (а ведь ему есть чего бояться, ведь Синдзи до событий ЕоЕ еще как бы и жить хотел).
К сожалению, даже бонусная манга Садамото особо не дает нам дополнительной пищи для размышлений на тему "Чем план Гендо отличается от планов Seele", так что на этот счет остается только гадать.
Но лично я придерживаюсь вышеописанной позиции.