У нас есть Wille и они борются с Nerw, это неоспоримый показанный нам факт, к тому же большинство Wille это бывшие участники Nerw во главе корабля я замечу только корабля капитан Кацураги и Акаги, нам не показали кто во главе организации Wille, там должен быть интеллектуальный штаб или правительство, если отбросить все разночтения и взять самый оптимальный вариант, то произошло следующее - После того как произошел неоконченный удар, который остановила рей ради Синдзи кстати, Кацураги и остальные в Nerv поняли что это План Гендо, комплеметировать человечество(Возможно из личных желаний быть с Юи, ради которых он готов на все).(простым языком предъявить не успели) Прежде чем был саботаж, Гендо пытался убить оперативный штаб Nerv, но часть спаслась и бежали, вопрос только какими силами Гендо мог зачистить штаб Nerv? Ответ в том что нам так и не показали кто работает в Nerv, где его обслуживающий персонал, для работы ангелов нужно много людей, кто-то должен охранять территорию вокруг Nerv, и это делают ангелы. Единственный вариант, это то что Гендо вступил в сговор с силами ангелов и продвигает проект комплементации согласно сценарию. Мы видели не раз как силы ангелов пытались оружием и разными новыми формами осуществить удар и комплементацию, грубая ударная сила, ангелы даже пытались стать вирусом, формы и способы все время менялись, кто сказал что ангелы не могут использовать людей предателей как Гендо и войти с ними в сговор ради достижения общих интересов, что нам и показали. Ведь нам уже не раз показывали детей ангелов, силы ангелов вполне могли воспроизвести пару тысяч выродков, обслуживающих руины Nerv, внешне как люди но это не люди, к тому же сам Гендо скорей всего уже и не человек.