Не придется ничего переделывать, так как 3.3 не содержит практически никакой конкретики. Лишь расплывчатое "ну что-то там жахнуло, а крайним Синдзи назначили". "Загадочность" тут по типу "сценарий надо было сдавать вчера, подробности ближе к концу придумаем. А пока всунем пару туманных намеков, которыми можно вертеть как хочешь". То Нерв воюет с WILLE, то Нерв в руинах и даже свет не всегда дают. То все повзрослели на 15 лет и Синдзи путает Рей со взрослой тетей, то пилоты по сей день подростки. Скорее, создается впечатление что третья часть это Франкенштейн сшитый из нескольких разных версий сценария.