Различия в форме повреждений объясняются достаточно легко.
Судя по множеству кратеров вокруг, после того, как малую пирамидку NERV откопали внутри большой перевёрнутой пирамиды (которая, судя по всему, является спрессованными останками множества недо-Ев или окаменевшей LCL), произошёл какой-то эпичный бой, предположительно, с 11-м Ангелом. Пирамида в результате пострадала еще сильнее.
На счет расположения кабинета Гендо - то тут, похоже, действительно ляп. В 1.11 было достаточно ясно показано, где он находится - той в узенькой полоске в верхней части пирамиды
Но и тут снова противоречие и очевидный ляп, потому что там же есть вид кабинета сбоку, который подтверждает, что кабинет занимает как минимум половину всего этажа, т.е. окна с трёх сторон и одна стена, в то время как на первом скрине те две рамы на окне вовсе не с углов.
В общем, я считаю, следует признать сохранившийся в 3.33 кабинет Гендо обыкновенным ляпом