Он не превосходит, просто Ева была на тот момент как бы "без души" - о чем я уже писал.
О душе Евы 03 совсем ничего не известно, также как и о том, каким конкретно образом должна была пройти синхронизация - так что отложим пока этот вопрос.
Что касается МАГИ - то здесь тоже не все ясно, что это вообще такое?
То ли биомеханический компьютер, запрограмированный вести себя как человеческая личность, то ли машина с реальной человеческой душой (в чем я сильно сомневаюсь, благо Акаги Наоко была жива и здорова на моент его создания, то бишь ее душа при ней, чего не скажешь о матери Сорью на моент создания Евы 02).
И, как мне кажется, все-таки есть разница между целой и полноценной душой, которая была в Еве 01, неполной душой в Еве 02, и просто запрограмированной личностью МАГИ.
Так что не надо все гнуть под одну линию.
Советую еще раз пересмотерть сериал, а затем ЕоЕ, И ОБРАТИТЬ ОСОБОЕ ВНИМАНИЕ на тему матери и ребенка, которая разыгрывается посредством взаимоотношений души Евы 01 ( на данный момент принято считать, что там Юи) и души Икари Синдзи.