По фактам. LCL - именно разрушенные клетки, а не рассеяные. Раз Рицка сказала, что это "первичный бульон", то клеток там нет - есть белковые цепочки, и (это уже ИМХО) азотистые основания.
По поводу того, что заложено в душе.
Я понимаю первичность души для японцев, но и роль ДНК для них более важна, чем для нас. (Вон, например, они характер не по гороскопу а по группе крови определяют). Вариант - душа восстанавливает сперва генетический код. То есть душа хранит информацию о расположении азотистых оснований и т.д. Каким образом затем так быстро восстанавливается тело - это уже вопрос к Анно.
По поводу Лилит - ее душа в теле Рей была в подавленном состоянии.
По поводу клонов - они бездушны. Человек приблизился к Богу, но не стал Богом. Клоны - это лишь подобие "живых" (это касается и Рей, и Ев)
зы. никаких тел в псевдопилотах нет