Немного не понял запроса, если честно. Каких консольных прог?
В любом случае, о каких-то GUI для программирования я не в курсе. Там просто все сложнее, чтобы делать графическую оболочку под это.
Если тебе нужно модифицировать какие-то файлы или прочие компоненты системы, для этого используй скрипты. Именно для программ, если хочешь научиться программировать, думаю что Python это хороший выбор. Если нужен хардкор и возможность делать вообще все, то C/C++.
Писать программы и скрипты можно в Notepad++, для начала неплохой редактор.
Естественно, что учусь уже не я. Однако я этот этап проходил не так давно и помню, что среды с поддержкой GUI позволяют учиться самой алгоритмизации гораздо быстрее, чем полноценные языки, за счет того, что не надо отвлекаться на синтаксис.
Вот, нашел что-то близкое, но тут событийная ориентированность мешается. Нужно что-то с похожим оформлением, приблизительно похожее на С.