Вопрос в том, что Рей в любом случае выходит должна была уйти, она была создана по сути для К. и стала как было сказано демиургом нового мира, изменения в мире предусматривала она сама, а с учётом изменения памяти, почему бы не допустить, что этот "Токио" на самом деле "неоТокио2-3" а не первый... ведь количество манипуляций в любом случае ограничено если серийные в виде окаменелостей остались...
А про память, моё мнение такое GF амнезия другими словами никто ничего не помнит, но у Синдзи есть смутное чувство, что это ему знакомо... примерно так.