Если задуматься, будет ли Синдзи драться с переродившейся в Ангела Аской - еще большой вопрос. Учитывая что он устроил Третий Удар, не совсем понятно на чьей он теперь стороне. В порядке бреда - Аска станет Ангелом, но будет ломиться не к Лилит, а к Еве-01. В процессе освобождения Евы-01, ее прирежут Мари и Каору. Но будет уже поздно и освободившийся Синдзи завершит свое черное дело.
Синдзи в оригинале великий пацифист и даже Каору придушил только после долгих уговоров. Поэтому его затруднения с убийством безымянного коллеги вполне логичны. Другое дело, что зачисление Тодзи пилотом 03, ломает ранее заданные каноны "пилотов можно по пальцам руки пересчитать, новых фиг найдешь". В этом плане зачисление Аски выглядит логичнее.