Это просто защитная реакция от черезмерного стресса. На убийство Каору наложилось еще и правда о Рей, кома Аски, нападение армии. Плюс ко всему, формально, уже победили - это "освободило" старые стрессы. Это как с солдатами бывает. Во время войны, находясь в сырых и холодных окопах сутками - никаких болезней, а стоит только появится перерыву и оказаться в нормальных условиях - тут-же организм "срывается" и заболевает. Для Синдзи пилотирование Евы - мучение, да еще и связанное с самыи худшими переживаниями. От одного только "варения живьем" один вид Евы должен вызывать у Синдзи панику и жуткий страх. В качестве аналогии - тут в дуробоксе про малолетних воров всяких проводов было, как раз в возрасте Синдзи. Одного из них жутко [Die Zensur]о током, когда тот в трансформаторную будку залез- так, что руку ампутировали. Теперь панический беспричинный страх вызывает даже вид обычной электрической розетки. А чтобы куда-то залезть - даже речи более не идет. А ведь у Синдзи подобных случаев было несколько. Я не представляю какой волей надо обладать, чтобы подавлять такую реакцию и снова лезть в ненавистный до обморока механизм.
Просто организм решил что лучше умереть, чем продолжать это терпеть - мучений меньше. В манге показано лучше "Я должен идти, лезть в Еву. Но у меня просто ноги не идут".
UPD: орфография