Опять про сравнение растворение с самоубийством.
Рей: Ева БУМ! и одни обломки, от самой Рей-2 осталось разве что хорошо прожаренные косточки, т.е. это именно что смерть. Через N часов в её клон, до того плававший в бассейне, засовывают душу, которая была у Рей - душу Лилит. За время пребываения её в Рей-2 душа чуть-чуть изменилась, стала более человеческой и там остались тени воспоминаний о Синдзи. Но это другая Рей, вся её память - базовые знания о мира (чтобы могла самостоятельно жить, передвигаться. говорить). Но видя Синдзи, Гендо у неё возникают чувства, источник которых в памяти отсутствует, поскольку память о событиях погибла вместе с Рей-2, осталась только их тень в душе Лилит, и именно эту тень она и ощущает.
Синдзи: растворился под корень в Еве, она-же удерживает его душу от отлетаения а память от распада. При "восстановлении" в последний момент Синдзи решает вернуться и видимо под действием как машинерии, так и Евы восстанавливает тело как оно было, туда е засовывается душа и память, поскольку растворение в Еве - не смерть.
Такое моё мнение.