Тело не пропало, все, что его составляло, находилось внутри капсулы. Просто носитель поменялся, став предельно хрупким и ненадежным. Если содержимое капсулы вылить или потревожить (например - вскипятить, гы) - тогда да, Синдзи полностью умрет, личность исчезнет, душа отлетит на реинкарнацию, начисто забыв о своем прошлом. Наличие исходных материалов, воли к жизни со стороны пациента, души и внешних вешей (оборудование и Ева) дали возможность тело восстановить.
Душа Рей (ведь её тело было просто уничтожено взрывом) тоже куда-то отлететь собиралась, но была поймана и засунута в новый клон.
Во время К. людей забирали целиком, душа + личность.
Представление о душе христианстве и в буддизме/синто несколько разные, так-что тут могут вмешиваться баги перевода и культурные различия.