1) Похожесть
Ты не поверишь, они все похожи. И Аска, и Рицко, и Мисато, и Рэй - все же анимешные персонажи.
2) Рассуждения Синдзи, мол, "такое ощущения, что Аянами и Мама... Батя, что же ты с ними сделал..."
Обеих использовал. А еще он использовал Рицко, Наоко, Фуюцки, Кадзи, и еще овер 9000 человек. Они все - клоны Юй?
3) 25 серия - Рей сама себе говорит, во время К., мол "Ты - тело созданное человеком, по имени Гендыч"
Никто не спорит, у Рэй искусственное тело. Больше отсюда почерпнуть нечего.