Вам не надоело одни и те же вещи уже почти семьдесят страниц по много постов писать? Выраженной любви не было у Синдзи ни с кем, хотя потенциал был для любой пары (С-Р, С-А, С-М), а вариантов "что могло бы быть" существует бесчисленное множество - и все они будут досужими фанатскими домыслами.
Шайдар Харан на данный момент считает, что Синдзи обращается в сложные минуты к Рей, Аске и Мисато именно потому, что для него они - наиболее близко знакомые человеки женского полу. Он в каждой из них видит что-то от матери, и хочет, чтоб его успокоили и сказали, что все будет хорошо.
Вот насчет обратных чувств - тут все, имхо, прозрачно. Рей и Аска любят его в романтическом плане, Мисато видит в нем что-то среднее между сыном и младшим братом.