Если не ошибаюсь, в 17 серии когда Ева-01 рвет Лелиила после слов Рицуко "Что за хрень мы скопировали?!" Мисато про себя думает "Я знаю - Евы не просто копии Первого Ангела" (ну это как я помню, но примерно так должно быть). В EoE же кто-то из SEELE, вроде даже сам Лоренц говорит, что Ева-01 - единственный клон Лилит. Хотя, возможно, он имеет в виду "единственный оставшийся", тогда Ева-00 тоже могла быть клоном Лилит.
В Ребилде SEELE говорят что-то про Истинный Евангелион, который поможет им осуществить их сценарий. Гендо же потом говорит, что истинный Евангелион у него есть, только SEELE об этом знать не положено - и это Ева-01. Это дает основание полагать, что в Ребилде, как и в сериале все Евы, с которыми пока приходилось иметь дело, кроме Евы-01 - клоны Адама, а Ева-01 - клон Лилит. И кроме этого Ева-06, построенная SEELE на Луне по некой "новой технологии" - скорее всего тоже. Неизвестно однако, по "новой" или "старой" технологии построены следующие Евангелионы серии - Ева-07 и Ева-08. Так что они могут оказаться как клонами Лилит, так и клонами Адама (что более вероятно, учитывая исключительную роль "Истинного Евангелиона").