Мисато и Рей здорово ведь его напугали перед ЕоЕ.
В 23 серии Мисато на глазах у Синдзи угрожает пистолетом своей лучшей подруге и в той ситуации не было никаких гарантий, что она не выстрелит.
То есть, Мисато предстает перед ним в новом свете, с новой стороны, которую он раньше никогда не видел.
Насчет Рей.
"Настоящая у нее душа или нет" - такие рассуждения очень тяжелы для подросткового возраста, но ясно одно: "она его абсолютно не помнит", так что тоже, можно сказать, новая личность.
Другое дело Аска:
она психовала весь сериал и в ЕоЕ практически не изменила себе, куча времени, чтобы к подобному привыкнуть (если, конечно же, обычные ежедневные оскорбления не перерастут в конкретные обвинения, что мы и видим в поезде)...
так что нет ничего удивительного, что Синдзи в ЕоЕ искал поддержки в первую очередь у нее.