Можно интерпретировать эту фразу как - "относись к другим так, как хочешь, чтобы относились к тебе".
И правда, Синдзи же был лоялен ко всем, пытался никому не перечить, делать все, что ему скажут (поначалу), а его все-равно не любили и не уважали, и даже не скрывали этого (диалог на кухне с Аской, диалог у лифта или у автостоянки с Мисато и пр.).
Несправедливо, он был добр ко всем (или хотя бы пытался делать вид), а его все кинули...
"
"А ты думал, что другие думают также, как и ты" - вот как я сие интерпретировал.
Ведь его лояльность и доброту Аска и Мисато восприняли отнюдь не как знак уважения, а как эгоизм и пофигизм - от чего и пытались постоянно "встряхнуть" его, что он воспринял уже как не уважение к самому себе.
Вообщем, психология - сложная штука, но именно в ней и заключена вся прелесть ЕоЕ.