А мышление, это такие электрические сигналы в мозгу. Что не мешает лишенному мозга призраку Синдзи размышлять вылезти из Евы или еще немножко посидеть.
Не только электрические сигналы, но и нейромедиаторы, и прочая хрень...
Лично мне кажется, что закупоренные я ядре Евы личности для мышления пользуются мозгом Евы-"хозяина", по аналогии с виртуальными машинами. Я в курсе, что это ничего не объясняет.